Thường cá tầm Siberi được chia thành ba phân loài.[1] Tuy nhiên, các nghiên cứu gần đây cho thấy rằng Siberia cá tầm có thể là đơn loài, tạo thành quần thể di truyền kết nối liên tục trong suốt phạm vi rộng lớn của chúng.[2]

Phân loại chỉ định (A. baerii baerii) chiếm 80% của tất cả cá tầm Siberi và sống ở sông Ob và các chi lưu của nó. Phân loài này di cư đến cửa sông Ob trong mùa đông do thiếu hụt oxy ở sông Ob, và bơi hàng ngàn km ngược dòng để đẻ trứng.

Phân loài A. baerii baicalensis được biết đến với tên gọi cá tầm Baikal là loài hồ duy nhất chủ yếu được tìm thấy ở cuối phía bắc hồ Baikal và di cư lên sông Selenga để đẻ trứng.

Phân loài thứ ba, A. baerii stenorrhynchus, cư trú ở các sông phía đông Siberi và có hai hình thái lịch sử: một là di cư nhiều hơn là bơi khoảng cách đáng kể (đôi khi hàng ngàn cây số) ngược dòng từ cửa sông và vùng đồng bằng để đẻ trứng, và một hình thức không di cư.